यदि लड़ाकू को एक प्रभावी हथियार प्रदान किया जाता है, तो वह अपनी रक्षा करने और दुश्मन को नष्ट करने में सक्षम होगा, इसलिए पिक्सेल गन 3डी गेम में हथियारों पर बहुत ध्यान दिया जाता है। एक मोड चुनें: ज़ोम्बी, मज़ा और रैंक के साथ। प्रत्येक मोड की अपनी विशिष्टताएँ होती हैं, लेकिन उनके लिए स्टोर में हथियार खरीदकर उन्हें अपग्रेड करने की क्षमता समान होती है।