पेंट रन 3डी में आपको रनिंग ट्रैक्स को कुछ खास रंगों से पेंट करना होगा। आपके सामने स्क्रीन पर अलग-अलग रंगों के अक्षर दिखाई देंगे, जो अलग-अलग जगहों पर खड़े होंगे। नियंत्रण कुंजियों का उपयोग करके, आप इंगित करेंगे कि आपके नायक किस दिशा में आगे बढ़ेंगे। वे जहां भी दौड़ेंगे, सड़क नायक के समान रंग ले लेगी। जैसे ही आप ऐसा करेंगे, आपको पेंट रन 3डी गेम में अंक दिए जाएंगे और आप गेम के अगले स्तर पर चले जाएंगे।